上海中医药博物馆自1938年建馆至今经历了六十多年的风风雨雨。1397年4月王吉民在上海举办医史文献展览会，展出1000多件医史文物，并且在此基础上全力筹建医史博物馆。翌年夏天，医史博物馆正式宣告成立，由王吉民任馆长。当时选址为池浜路41号（今慈溪路7号）中华医学会图书馆内，展品约400多件。1951年中华医学会迁往北京，医史博物馆改属中华医学会上海分会。1959年1月，划归上海中医学院（现为上海中医药大学），更名为上海中医学院医史博物馆，馆址迁入当时位于零陵路的学院内。1966年7月，因“文化大革命”发动而被迫封馆。1972年，医史博物馆由于上海科技电影制片厂拍摄《针刺麻醉》科教片的需要而启封。1975年，医史博物馆建立新的陈列室、资料室和文物仓库等，展出面积仅240m2。从1980年开始，由老中医贾福华、著名医学史家傅维康教授为第二任、第三任医史博物馆馆长。1995年10月，由中医专家吴鸿洲教授任第四任馆长至今。

　　2003年，位于张江园区内的上海中医药大学新校区全部建成，从零陵路整体搬迁到张江高科技园区。早在规划新校区的过程中，经多次筹划，决定将原上海中医药大学医史博物馆、中药标本陈列室、党史校史办公室合并，建立上海中医药博物馆，同时迁入张江。2004年12月18日举行了隆重的开馆仪式。半年多来，接待参观人数10237人次，其中国内观众8399人次，国外观众1838人次。美国宾夕法尼亚大学医学院副院长一行和美国北弗吉尼亚大学校长一行先后参观了博物馆，他们说：“百闻不如一见，中医药学是中华文明的一个结晶，是中国优秀文化遗产中的一个瑰宝。它不仅可以为中华民族所用，更可以为全人类所用。”

　　博物馆分为三层，由医史博物馆、中药标本馆和上海中医药大学校史陈列馆三部分组成。一进馆内，长24米、宽3米由紫铜铺成的地面浮雕“千年回响”首先映入眼帘，从远古时代的砭石、骨针、甲骨文，到《内经》“阴平阳秘，精神乃治”的经典理论，古代文明宛若一幅千里长卷被铺展开去，任由艺术的语言向人们娓娓道来。沿着长长的浮雕往前看：阴阳五行雕塑位于大厅正中央，上方是立体化的阴阳五行图，“双鱼”严格按东方为木、南方为火、中原为土、西方为金、北方为水的顺序排列。还来不及细细体会其中的深意，“精气神”雕匾赫然眼前，“气”字居中，顶天立地，寓意“气”是构成世界也是构成人体的最基本物质，气化精，精生神。此时脑海中迅速反射出的词汇是：正气、志气、勇气、精神、神采、神韵、神气……不由地从心底里敬畏先人的智慧：今天的我们常常放在嘴边的“精气神”三个字居然源出于此！

　　这一连串的视觉攻势，仿佛把时空猛地向后退格了几千年。中华医学和中华文明交织在一起，在历史之钟上敲下重重一锤，千年回响，经久不息。